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肿瘤相关突变基因检测试剂(高通量测序法)性能评价通用注册技术审查指导原则(2019年第83号)

发布时间:2021-01-09  浏览:

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肿瘤相关突变基因检测试剂(高通量测序法)性能评价通用注册技术审查指导原则
(2019年第83号)

  本指导原则旨在指导注册申请人对肿瘤相关基因检测试剂分析性能评价注册申报资料的准备及撰写,同时也为技术审评部门对注册申报资料的技术审评提供参考。

  本指导原则是针对肿瘤相关基因检测试剂分析性能评价的一般要求,申请人应依据产品的具体特性确定其中内容是否适用,若不适用,需具体阐述理由及相应的科学依据,并依据产品的具体特性对注册申报资料的内容进行充实和细化。

  本指导原则是对申请人和审查人员的指导性文件,但不包括注册审批所涉及的行政事项,亦不作为法规强制执行,如果有能够满足相关法规要求的其他方法,也可以采用,但需要详细阐明理由,并对其科学合理性进行验证,提供详细的研究资料和验证资料,相关人员应在遵循相关法规的前提下使用本指导原则。

  本指导原则是在现行法规和标准体系以及当前认知水平下制定的,随着法规和标准的不断完善,以及科学技术的不断发展,本指导原则相关内容也将适时进行调整。

  一、适用范围

  本指导原则所述肿瘤相关基因检测试剂分析性能评价主要是指基于高通量测序(high-throughput sequencing)即下一代测序(next generation sequencing,NGS),又称为大规模平行测序(massively parallel sequencing,MPS),体外检测人体组织肿瘤细胞中的肿瘤相关基因变异。用于检测体细胞突变的NGS正在广泛用于肿瘤诊疗相关的分子检测,包括对特定基因的DNA/RNA进行测序,以寻找与肿瘤临床诊疗相关的基因变异。肿瘤基因突变类型包括点突变、插入、缺失、基因重排、拷贝数异常等广义的基因突变。

  基于NGS测序原理的体外诊断(In Vitro Diagnosis,IVD)检测可能包括以下步骤:样本收集、处理和保存、核酸提取及处理、文库制备、测序和碱基识别、序列比对、变异识别和过滤、变异注释和解读以及检测报告的生成。同时,某些产品还可能会包括软件部分,但上述相关步骤并不一定被全部包括,应根据产品的具体设计流程来进行判断。对于每个检测步骤,申请人需要结合产品设计和临床意义来建立特定的可接受的质量评价指标和合格判断标准。此外,为满足产品特定预期用途,申请人需通过科学和适当的检测性能研究来确定适用的试剂、消耗品、仪器和软件。基于上述考虑因素,NGS检测产品的设计和工作流程中的任何差异均可能导致结果的不同,因此申请人需要清楚地描述相关检测性能指标。

  分析性能评价的初衷在于提出产品性能有效性、安全性相关问题的假设,然后通过研究进行确认。NGS在测序通量及发现未知基因变异方面具有优势,但是在NGS技术应用需求及使用中存在包括相关临床样本收集处理、NGS检测内容、测序流程、数据分析、结果报告等各方面的挑战。

  本指导原则将重点关注实体瘤中检测具有临床意义的体细胞变异和确保高质量的检测结果。申请人应以患者的利益为中心,充分整合临床肿瘤学家对于精准诊治的观点,并充分考虑在我国推广应用的可操作性。申请人可采用多样化的靶向基因组合检测。由靶向基因产生的信息可能会被用于诊断分类,指导治疗决策,和/或为特定肿瘤提供预后评价,不同产品包含的基因数量可能存在较大差异。

  本指导原则适用于进行首次注册申报和相关许可事项变更的产品。本指导原则不适用于全外显子检测、肿瘤全基因组测序、从头测序、游离DNA检测、RNA直接测序、病原体微生物及宏基因组学测序、胚胎植入前检测、疾病风险(含遗传风险)评估与预测、直接面向消费者测序及健康人群筛查。

  二、NGS性能评价

  (一)综述资料

  综述资料主要包括产品预期用途、产品描述、有关生物安全性的说明、研究结果的总结评价以及同类产品上市情况介绍等内容。

  申请人在计划开发一个有针对性的基因检测试剂时,需确定其预期用途、待测基因数量、检测突变位点或者突变类型,包括将要检测的样本类型、适用人群以及哪些类型的检测信息将被评估和报告。还应考虑影响检测的设计、验证和质量控制的其他因素,并在试剂组成说明书中详细说明该产品包含的试剂组分及需要但未提供的试剂、设备及耗材。

  作为IVD检测一般原则,申请人应首先定义申报产品的预期用途和检测性能,产品的预期用途将直接影响检测设计和检测性能以及测序和/或报告的基因类型。申请人需要前瞻性地确定应进行的研究指标(例如准确性)以及每种研究指标应该满足的标准。在设计和开发完成之后,验证研究其是否满足预定义的性能。如果检测不符合任何预定义的性能标准,则应分析原因、重新验证或修改预定义的性能指标。通过反复的设计、开发和验证,直到检测满足设定需求。在整个过程中申请人需要记录所有研究方案、研究过程和结果以及每项研究设计的理由。建议申请人列出样本处理、文库制备、测序、生信分析等环节主要质量控制参数。如文库浓度及片段长度、碱基识别质量值(Base Call Quality scores)、过滤后有效Reads数、有效测序深度(如经过去重处理等)、符合最低测序深度和平均测序深度要求的区域(%)等。

  申请人应提供整个检测流程的标准操作程序文件(Standard Operating Procedure,SOP),对NGS技术检测全过程包括的样本收集处理、文库制备、测序、数据分析、结果报告等过程进行描述。生物信息学分析方面描述和记录数据处理和分析,包括变异识别、过滤和注释的所有过程。明确所有要使用的软件,包括来源(例如:内部开发以及第三方)以及主要修改。建议以列表形式描述所有需要的软件和/或数据库名称、版本及其功能。

  (二)主要原材料的研究资料

  NGS检测过程主要包括样本收集处理、文库制备、测序、数据分析、结果报告等......

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